Met het eerste seizoen als basis, duikt het tweede seizoen van 'Hanna' verder in de duistere geheimen van Utrax. Daarnaast onthult het ook wat de sinistere organisatie doet om al haar tienergevangenen te manipuleren en ze in dodelijke wapens te veranderen. Seizoen 2 staat vol met verschillende onthullingen en een kleine voorbode voor het volgende potentiële hoofdstuk. Het spreekt dus voor zich - laten we alle plotpunten en het einde van de onderstaande serie opsplitsen. (Spoilers vooruit)
Nadat ze uit de faciliteit van Utrax is ontsnapt, vergezelt Clara Hana. Terwijl ze in de bossen overleven, proberen de ambtenaren van Utrax ze op te sporen. In de tussentijd, zoals onthuld in seizoen 1, worden de overgebleven meisjes verplaatst naar een geheel nieuwe faciliteit genaamd The Meadows. Clara trapt later in een van de valstrikken van Utrax en komt weer bij de rest van de meisjes terecht. Ondertussen neemt Marissa Hanna onder haar hoede en in een poging om haar vroegere wandaden goed te maken, weerhoudt ze haar ervan Clara te redden. Toch slaagt Hanna er nog steeds in om Marissa te overtuigen om haar te helpen Clara te redden. Als gevolg hiervan bereiken ze The Meadows om deze reddingsmissie uit te voeren.
Niets gaat echter zoals gepland. Utrax neemt Marissa gevangen terwijl Hanna deel gaat uitmaken van Utrax' nep-sociale opstelling in The Meadows. Hoewel ze aanvankelijk weerstand biedt, accepteert ze uiteindelijk The Meadows als haar nieuwe thuis, samen met Clara en de anderen. Al snel werken Hanna en Jules samen en worden ze op pad gestuurd voor hun eerste echte moordmissie. Hanna moet nu een keuze maken: loopt ze verder weg van Eriks pad of gaat ze stiekem samenzweren tegen Utrax?
Bij The Meadows worden alle meisjes onder Utrax' operatie plotseling vrijgelaten. In tegenstelling tot hun vorige medische faciliteit, biedt de nieuwe locatie hen kleurrijke slaapzalen, fictieve families, toegang tot sociale media en de mogelijkheid om met anderen te socializen. Echter, buiten medeweten van de meisjes, is dit allemaal slechts een gesimuleerde sociale opzet om hen te helpen meer te leren over duurzaam leven in de echte wereld. Zoals aangekondigd in het vorige seizoen zelf, had Utrax altijd de bedoeling om deze meisjes de echte wereld in te sturen. Het stelt hen dus doelbewust in staat om zich als normale tieners te gedragen, omdat dat hen op zijn beurt zal helpen zich te vermommen als gewone mensen in de echte wereld.
Voor de meeste meisjes krijgt Utrax controle over hen door hun eerder bestaande ideeën over familie, religie en vrienden te vervangen. Maar voor Hanna en Clara worstelt de organisatie om enige controle te krijgen, omdat ze zich er al van bewust zijn dat ze hun familie hebben verloren. Dus voor hen probeert de organisatie het gat in hen op te vullen dat hunkert naar een gezin in plaats van het te vervangen. En dus vindt Hanna, zelfs nadat ze weet dat haar vader dood is, enige troost in The Meadows.
Hanna en Jules krijgen hun eerste echte missie toegewezen, waarbij ze verwachten dat Hanna haar ervaring in de buitenwereld zal gebruiken. Wat Jules betreft, Leo vertelt haar stiekem dat ze Hanna goed in de gaten moet houden. Volgens hun missie moeten ze de ware identiteit achterhalen van een klokkenluider genaamd Tacitus en de locatie vinden waar hij van plan is een in Londen gevestigde journalist, Nicola Gough, te ontmoeten. De verklaring vermeldt ook dat ze alleen toegang tot Nicola kunnen krijgen via haar vrouw Bethany James, een professor aan de London South Bank University.
Nadat ze door Bethany is gegaan, komt Hanna eindelijk in contact met Nicola. Ze maakt foto's van fragmenten uit Nicola's notitieboekje en stuurt ze naar The Meadows. Na deze te hebben ontcijferd, leidt Terri af dat Tacitus een in Barcelona gevestigde militaire advocaat is, genaamd Robert Gelder. Hoewel de serie de tijd neemt om te onthullen waarom John Carmichael Robert Gelder (ook bekend als Tacitus) wil elimineren, wordt het duidelijk dat Robert het geheim achter Johns motieven achter Utrax heeft. Robert is van plan deze geheimen aan Nicola te onthullen, zodat ze uiteindelijk de waarheid aan de hele wereld kan onthullen.
In Barcelona ontmoet Hanna ook Stephen, een man die voor Marissa werkt. Stephen legt uit dat wat nu bekend staat als Utrax, voorheen bestond uit een kleine splintergroep van nationale radicalen binnen een agentschap genaamd The Pioneer Group. Hij vertelt haar dat hij nu nog steeds een van de weinige leden van de groep is die niet het verkeerde pad heeft bewandeld. En dus wil hij, net als Hanna, de eerste operatie van Utrax stoppen. Hanna werkt samen met Stephen en de twee gaan op pad om de moord op Robert en Nicola te stoppen. Zonder dat ze het weten, houdt Jules Hanna in de gaten en bedenkt ze hun plan.
Door Jules mislukt het plan van Stephen om Nicola van onderschepping te redden. Om de andere kant van de missie af te breken, gaat Hanna naar Barcelona, waar Clara en Sandy Robert Gelder proberen te onderscheppen. Hanna reikt uit naar Clara en probeert haar ervan te overtuigen dat Utrax niets goeds van plan is. Maar Clara ontslaat haar gewoon door te zeggen dat het niet de bedoeling is dat ze de organisatie in twijfel trekken en zich niet concentreren op het dienen van hun land. Pas als Hanna haar ervan overtuigt dat haar moeder nog leeft, verandert Clara's kijk op de missie.
Via Roberts dochter Kat leidt Sandy de verblijfplaats af van de hotelkamer waar Robert verblijft. Hiermee gaan Clara en Sandy op pad om hun laatste missie uit te voeren, namelijk het vermoorden van de advocaat voordat hij Utrax ontmaskert. Clara aarzelt, maar Sandy verdoezelt haar blunders door Robert meedogenloos te vermoorden. Toch neemt Robert, voordat hij sterft, contact op met een journalist genaamd Alba, die een document ophaalt bij een van de medewerkers van het hotel. Dit document bevat de geheimen van Utrax.
Hierna, met alle actie die volgt, sterft Alba, maar Hanna krijgt het document in handen. Dit document onthult eindelijk dat de lijst met moorddoelen van Utrax bestaat uit potentieel invloedrijke advocaten, activisten en andere experts op verschillende gebieden die later een verschil in de wereld zouden kunnen maken. De meeste mensen die in deze doelgroep worden genoemd, zijn jonger dan 18 jaar en allemaal jonger dan 30. En dat is de reden waarom het bestaan van Utrax al die tijd een geheim was. Ze wilden op onethische wijze een jongere generatie leiders elimineren, omdat ze zo controle over de wereld zouden krijgen. En, natuurlijk, voor een missie als deze zijn tienermeisjes die hun hele leven zijn gehersenspoeld de perfecte kandidaten.
Al die tijd was het Johns schuld dat Robert de missie leerde kennen. Zoals onthuld in een flashback, werd John ooit dronken en vertelde hij de advocaat alles over de geheime motieven van Utrax. Maar in plaats van John te ontmaskeren, neemt Marissa de controle over en chanteert hem om hen naar de hogere machten van The Pioneer Group te leiden, die hem de opdracht gaven om Utrax te leiden. Het einde vormt het toneel voor een nieuw seizoen waarin Marrissa en Hanna nu degenen zullen elimineren die de kwaadaardige Pioneer Group leiden. Clara zal zich waarschijnlijk niet bij hen voegen als ze naar Egypte gaat om haar moeder eindelijk te ontmoeten.