‘Morgan’, geregisseerd door Luke Scott, is een sciencefiction thriller dat thema's van bewust bewustzijn onderzoekt door middel van een intrigerend verhaal over androïden en mensen. Tegen het einde van de film moet Lee Weathers tegen de klok racen om de operatie die tot de geboorte van Morgan heeft geleid, stop te zetten, uit angst dat het project uit de hand loopt. De zaken worden echter ingewikkelder naarmate menselijke emoties en gevoelens de overhand krijgen op de wetenschappers ter plaatse, die de groei van hun nieuwste uitvinding aanmoedigen, waardoor de veiligheid van alle betrokkenen in gevaar komt. Als specialist op het gebied van risicobeheer moet Lee de uitdagingen aangaan die voor ons liggen nu Morgan’s ongecontroleerde gedrag een omslagpunt bereikt. Toch duurt het tot de conclusie van de film dat een brandend plotpunt wordt aangepakt, wat leidt tot een dubbelzinnig einde voor de hoofdpersoon en haar ware aard. SPOILERS VOORUIT.
De film begint met Lee Weathers, een risicobeheerspecialist bij SynSect, die wordt gebeld om een probleem op te lossen op een van de geheime operatielocaties van het bedrijf, het L9-project genoemd. Lee arriveert op de locatie en wordt begroet door Ted Brenner, de projectmanager, die haar een rondleiding door de plaats geeft voordat hij haar de kamer laat zien waarin ze zal verblijven. Lee verspilt geen tijd voordat hij de voortgang en de huidige situatie van het L9-project in kaart brengt. Een van de projectleiders, Dr. Simon Ziegler, legt Lee uit dat ze een menselijk/synthetisch hybride organisme hebben gebouwd dat in staat is om emoties te verwerken zoals mensen, terwijl het ook de technische efficiëntie van een goed geoliede machine weergeeft. Het organisme is uitgegroeid tot een tienermeisje en staat bekend als Morgan. Lee maakt kennis met Morgan en noemt haar in het bijzijn van de wetenschappers ‘het’.
Het blijkt dat Morgan een paar dagen voor Lee's aankomst de wetenschapper Dr. Kathy Grieff in het oog stak nadat hij een ongecontroleerde stemmingswisseling had gehad. De uitbarsting leidde ertoe dat Lee werd benaderd door de hogere leidinggevenden van SynSect, die haar de opdracht gaven de situatie ter plaatse te beoordelen en een beslissing over Morgan te nemen. Door verschillende interacties met de andere wetenschappers die bij het project betrokken zijn, waaronder de andere projectleider, Dr. Lui Cheng, realiseert Lee zich dat elk personeelslid emotioneel geïnvesteerd is in het welzijn van Morgan en haar als een mens beschouwt. Het is echter duidelijk dat Morgan lijdt aan een onvermogen om haar situatie goed te verwerken. Ze heeft samen met Dr. Amy Menser uitstapjes buiten haar kooi mogen maken, waardoor ze een voorproefje heeft gekregen van de buitenwereld. Tijdens zo'n reis doodt Morgan een hert om zijn lijden te verzachten nadat het aan een paal is gehangen.
Uiteindelijk bezoekt een psycholoog en AI-expert genaamd Dr. Alan Shapiro de faciliteit om een volledige psychologische evaluatie van Morgan uit te voeren en te bepalen of ze denkt en voelt als een mens. Shapiro negeert het advies dat de plaatselijke wetenschappers hem geven over het houden van de sessie achter de glazen wand van de kooi. In plaats daarvan gaat hij tegenover haar zitten en hanteert een meer intieme benadering van de procedure. In de loop van hun sessie vertoont Morgan tekenen van emotionele instabiliteit en kwetsbaarheid, die indicatief zijn voor haar onvolwassenheid. Wanneer Shapiro haar naar de rand duwt, snauwt Morgan en rent op hem af, waarbij hij zijn keel doorscheurt en hem op slag doodt. Er ontstaat chaos in de faciliteit totdat Lee erin slaagt Morgan te kalmeren en haar terug naar het laboratorium stuurt. Ze besluit dat Morgan te moeilijk te controleren is en onmiddellijk moet worden weggegooid.
Nadat ze wakker is geworden van de werking van het kalmeringsmiddel, realiseert Morgan zich dat ze aan het bed is vastgebonden en wordt voorbereid op ontslag. Ziegler protesteert tegen de moord op Morgan, aangezien zij al zijn levenswerk uitmaakt. Dr. Cheng vertelt Ziegler echter dat hij zijn hoop moet opgeven, aangezien hun werk aan Morgan een mislukking is geweest, en ze moeten dat erkennen. Ziegler verlaat het laboratorium terwijl het team van wetenschappers het kalmeringsmiddel aan Morgan toedient. Zodra ze bewusteloos is, vertragen de andere wetenschappers de operatie en maken ze duidelijk dat ze Morgan niet willen vermoorden. In plaats daarvan kalmeren ze Lee en sluiten ze haar op in Morgan's cel. Ondertussen haasten ze zich om het jonge meisje te hulp te komen, dat wakker wordt en de wetenschappers begint aan te vallen, in de overtuiging dat ze haar hebben verraden. Ze vermoordt iedereen in de instelling behalve Dr. Amy Menser, die volgens het jonge meisje de enige is die goed voor haar is.
Lee weet haar te ontsnappen gevangenis cel door door een opening te klimmen. Ondertussen absectort Morgan van de hoofdfaciliteit met Amy op sleeptouw. Lee werkt samen met Skip Vronsky, die ook Morgan's moordende spree overleeft, en gaat naar de woning van Lui Cheng, waar het jonge meisje op weg is om Cheng en Ziegler te vermoorden. Morgan komt het huis binnen en doodt een gedesoriënteerde Kathy. Vervolgens ontdekt ze dat Simon Ziegler al dood is, nadat hij zichzelf heeft gedood vanwege het falen van het L9 -project en zijn hand erin. Ze vindt Cheng in haar kamer, waar de projectleider haar laatste samenvatting van haar werk opneemt en de spijt die ze heeft voor het falen van Morgan. Ze hebben een laatste uitwisseling in het Chinees, waarbij Morgan naar Cheng verwijst als 'moeder' voordat ze haar doodstikt. Lee arriveert kort daarna om de dode lichamen van Ziegler en Cheng te ontdekken.
Tijdens het onderzoeken van het pand van de woning van Ziegler en Cheng wordt Lee in een hinderlaag gelokt door Morgan. Lee slaagt er echter in Morgan's superieure kracht en behendigheid verrassend goed te matchen, waardoor het gevecht een tijdje de laatste tijd heeft. Uiteindelijk ontsnapt Morgan met Amy en drijft weg. Lee achtervolgt hen nauw met Skip, die haar een ruw idee geeft over waar Morgan naartoe gaat - het meer. Omdat het meer veel betekent voor Morgan vanwege haar beperkte blootstelling aan de buitenwereld, sla redenen over dat het jonge meisje waarschijnlijk op zoek is naar iets om emotioneel aan te heffen. Morgan arriveert bij het meer en neemt Amy mee, in de ban van de schoonheid van het water en wat het spiritueel betekent. In de verte vuurt Lee een geweerkogel af en provoceert Morgan om tegenover haar te komen in een gevecht.
De twee vrouwen vechten tegen elkaar in het bos, die opnieuw als gelijke tegenstanders voor elkaar opkomen. Morgan slaagt er echter in om Lee op een piek te impaleren, en komt overwinnend terwijl de hoofdrolspeler schijnbaar doodbloedt. Morgan gaat terug naar het meer en dringt er bij Amy op aan met haar te gaan. Amy weigert en vertelt Morgan dat ze moet stoppen voordat ze een pistool naar het meisje richt. Terwijl Morgan aarzelt, hindert een nog steeds alive lee het meisje van achteren, gooit haar in het water en verdrinkt haar uiteindelijk dood. Amy kijkt in Shell-Shock verschrikking Terwijl Lee haar missie voltooit en Morgan verwijdert zoals gepland. Vervolgens neemt de hoofdrolspeler het pistool van Amy en schiet haar op een punt-blanco bereik. Ze loopt terug naar de auto, waar Skip vraagt naar Amy's verblijfplaats. Lee hoort zijn vraag en schiet hem in het hoofd en rijdt dan weg.
Terwijl de dood van Amy en Skip als een schok komt, onthullen de laatste delen van ‘Morgan’ waarom Lee zulke drastische en extreme maatregelen heeft genomen. Het blijkt dat Lee een Android is zoals Morgan. Ze is een creatie van de L4 -lijn van modellen, waardoor ze een oudere versie van een synthetische Android is, zonder de emotionele mogelijkheden van Morgan, die was ontworpen voor de verwerking van de menselijke emotie. Het verklaart waarom Lee Morgan als een gelijke kan matchen. De hogere ups bij Synsect bespreken hoe waardevol en betrouwbaar de oudere synthetica zijn in vergelijking met nieuwere producten zoals Morgan. Ze prijzen Lee Weathers als een perfect exemplaar van een oud synthetisch model dat nog steeds functioneert op de manier waarop haar bazen haar vertellen. Ze is dus zeer efficiënt vanwege haar stabiliteit en gebrek aan emoties bij het omgaan met complexe onderwerpen.
De laatste scène van de film ontvouwt zich in een restaurant waar Lee in haar stand zit terwijl haar hogere ups haar lot elders bespreken. Ondertussen draait Lee in de winkel haar handen om en staart ze op dezelfde manier aan als Morgan wanneer Alan Shapiro haar in twijfel trekt. De actie doet denken aan hoe Morgan begon te vragen wie of wat ze is als een wezen. Het is waarschijnlijk dat Lee na de gebeurtenissen van de film haar doel in het leven in twijfel trekt en of ze slechts een wapensynsect is om hun vuile taken uit te voeren. Het is duidelijk dat ze door het bedrijf als wapen wordt uitgebuit, en als zodanig kunnen haar persoonlijke verlangens in strijd zijn met de overkoepelende doelstellingen die door hen zijn vastgelegd. Dit betekent dat zij misschien het volgende synthetische wezen is om tegen het systeem te rebelleren, niet anders dan Morgan zelf.